1898年中东铁路开建，俄、法、波兰、丹麦、犹太人一起如波涛汹涌澎湃般涌入了哈尔滨。基督教、天主教、东正教、犹太教，50余座教堂矗立在哈尔滨土地上,空旷的天空下十字架林立。
公元1907年，沙俄东西伯利亚第4步兵师入住哈尔滨，为军中宗教仪式需要，建立了一座木结构简易教堂，该师撤离后，捐赠给了当地俄罗斯东正教徒。
之后，俄国茶商伊弗赤斯嘉科夫出资6万卢布，重新整修。东正教海参崴和堪察加地区大主教为教堂落成举行祝圣仪式。
1912年，在木墙外加砌砖墙，形成砖木结构，教堂愈加辉煌壮观。
1922年，哈尔滨东正教徒已达30万人，原索非亚教堂已经不能满足需要，遂另辟新址再建教堂。1923年9月27日，由俄罗斯建筑师克亚西科夫设计的索非亚教堂举行奠基典礼。历时9年,于1932年1月25日建成。至此，索非亚教堂成为哈尔滨及远东地区最大的东正教堂，东正教徒奉为圣地。
走近教堂，广场上弥漫着一种欧洲情调.鸽子在绿地上咕咕地叫，另外的一群站在教堂的窗台上应和。卖啤酒的小贩压出一扎泡沫汹涌的啤酒，烧烤的俄罗斯红肠冒出诱人的香气。阳光穿过教堂弯顶上的十字架，眯起眼睛，天空上起伏着或圆或尖的欧洲式轮廓。
声音、色彩、弯顶、感官上堆积着欧洲印象.
钟声在钟楼上响起，钟楼上有7座钟是一个音符，敲钟人按东正教唱诗班的乐谱奏响钟声，天空里一片和平的神圣。
清水红墙坐落在拉丁十字的建筑平面上，带拱券长窗的十六面体鼓座上凸起巨大的洋葱头式穹顶，一座典型的拜占庭式建筑，把拜占庭的风吹到了东方。
原来哈市还有座尼古拉教堂,立于市中心，是哈市的标志，毁于“文革”。尼古拉教堂没了，索非亚教堂就成了标志。
1996年，国务院确定索非亚教堂为全国重点文物保护单位。
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